信使尽管即时通讯标准化协议的势头正在增强，但 IM 应用程序之间的互操作性仍然受到未解决的业务和安全问题的困扰。最近，互联网工程任务组 (IETF) 发起的协议是互操作性的关键，但却受到 AOL Time Warner Inc. 和 IBM 的 Lotus Software 等 IM 软件供应商的批评，称其不安全。
Lotus-AOL 测试使用了简单实现协议 (SIP) 的一个变体，即即时消息和状态利用扩展的 SIP (SIMPLE)。它是 IETF 正在考虑作为其即时消息和状态协议 (IMPP) 的三种协议之一。
SIMPLE 被认为是超越 Presence 和 Instant Messaging Protocol 和 Application Exchange 协议的领先者，因为 AOL 和 Microsoft Corp.（IM 领域的两大巨头）已经为其他产品部署了 SIP 基础设施。但这并不能保证该协议的成功。
SIMPLE 有很多问题。它根本不处理群组消息；它严格来说是一对一的。它在防火墙方面有很多问题。但它似乎是主要的竞争者。
此外，互操作IM需要不同IM客户端之间具有通用的安全性。但不同的参与者并不想使用别人的技术。
这是非我发明的问题。如果你没有发明，你就不会想使用别人的技术。这个问题实际上更多的是政治问题，而不是技术问题。
对于使用班图公司 (Bantu Inc.) 的班图即时通讯和存在平台 (Bantu IM and Presence Platform) 的美国陆军等机构而言，安全也是一个问题。即时通讯在驻扎海外的士兵中非常受欢迎，他们使用即时通讯与家乡的 希腊电报放映 亲人进行交流，其中大多数人使用消费者即时通讯客户端，例如 AOL 的 AIM、微软的 MSN Messenger 和雅虎公司的 Messenger。
为了维护军队的士气，陆军决定忍受这个安全漏洞。如果能给每个 IM 客户端提供 128 位 SSL 加密，那就太好了。Bantu 做到了这一点；它与 Lotus 对 Sametime 所做的类似。但是，对于 MSN 和其他这些公司来说，这就像狂野的西部。也许这对青少年来说并不重要，但从商业角度来看，这是一个问题。
IMUnified 行业组织（包括 MSN、Yahoo!、AT&T WorldNet、Odigo Inc. 和 Openwave Systems Inc.）最近创建了一个客户端到服务器 IM 互操作性协议，允许 IM 客户端互操作，前提是用户在两个客户端上都有帐户。由于商业和法律问题（例如知识产权和服务水平协议），该标准从未被采用。
最后，尽管供应商和技术人员梦想着 IM 能像今天的电子邮件一样无处不在，但许多用户并没有将 IM 客户端之间的互操作性列为首要考虑因素。